نتيجة الإصابة بالآفات يتحمل المزارع خسارةهائلة واحدة من كل إحدى عشرة بالة البالة تزن حوالي 500 طن ) بسبب الإصابة بالحشرات، كما يتحمل أيضًا خسارة بالة من كل ثماني بالات نتيجة للإصابة بأمراض النبات المختلفة. وتعتبر

1-      خنفساء لوزة القطن

2-      و دودة لوزة القطن

3-       و دودة براعم التبغ

4-       ودودة اللوز القرنفلية

5-       وحشرة التريبس

6-       وقملة النبات

من أهم الحشرات الضارة، وتستخدم المبيدات الحشرية السائلة لمكافحة هذه الآفات.
وقد استطاعت بعض الحشرات مثل-1 دودة اللوز2- وخنفساء اللوز 3-ودودة براعم التبغ اكتساب مناعة ضد بعض المبيدات الحشرية، كما أن لبعض هذه المبيدات خصائص بيئية ضارة مثل القضاء على الحشرات النافعة بالإضافة إلى الحشرات الضارة. وقد اتجه مزارعو القطن إلى طرق أخرى لمكافحة الآفات الحشرية المضرة بالقطن مثل استخدام الأعداء الطبيعيين لهذه الحشرات كالنمل والبق القاتل والعنكبوت. ومن الطرق الأخرى لمكافحة الآفات استخدام العوامل الميكروبية والفيرومونات.
وتشمل العوامل الميكروبية البكتيريا، والفيروسات التي تفتك بآفات القطن، أما الفيرومونات فهي روائح كيميائية تنتجها الحشرات وبعض الحيوانات كوسيلة للاتصال، عندئذ يستخدم المزارعون الفيرومونات الجاذبة جنسيًا للحشرات الضارة طعمًا للشرك.

ونتيجة لعدم استطاعة أي مبيد حشري مقاومة دودة اللوز القرنفلية بصورة فعالة، يلجأ المزارعون إلى تعقيم بذور القطن واستخدام آلات لتقطيع سيقان وأوراق نبات القطن بعد الانتهاء من جني المحصول ثم تحرث الأرض لخلط التربة بهذه المخلفات.